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Förderung zur Erweiterung biomedizinischer Werkzeuge
Prof. Dr. Dr. Fabian Theis, Leiter des Computational Health Centers bei Helmholtz Munich und Lehrstuhlinhaber für Mathematische Modellierung biologischer Systeme an der Technischen Universität München, hat für das Projekt „Scaling the Foundations of scverse“ ein zweijähriges Stipendium in Höhe von 400.000 US-Dollar erhalten. Diese Förderung stammt von der Chan Zuckerberg Initiative in Zusammenarbeit mit dem Wellcome Trust und der Kavli Foundation. Das Projekt ist Teil des Programms „Essential Open Source Software for Science“, das darauf abzielt, die Wartung, das Wachstum, die Entwicklung und das Engagement der Gemeinschaft für wichtige Open-Source-Tools in der wissenschaftlichen Forschung zu unterstützen.
Open-Source-Software ist in der wissenschaftlichen Forschung unerlässlich, da sie Fortschritte in der Biologie und Medizin vorantreibt und gleichzeitig Reproduzierbarkeit und Transparenz gewährleistet. Trotz ihrer kritischen Rolle fehlt es vielen wichtigen Forschungssoftware-Tools oft an gezielter Finanzierung. Das „Essential Open Source Software for Science“ (EOSS)-Programm der Chan Zuckerberg Initiative (CZI) geht dieses Problem an, indem es die Wartung, das Wachstum und die Entwicklung wichtiger Open-Source-Tools unterstützt. Fabian Theis, zusammen mit den Softwareingenieuren Ilan Gold und Philipp Angerer von Helmholtz Munich und der Technischen Universität München (TUM), hat nun eine zweijährige Finanzierung für ihr Projekt „Scaling the Foundations of scverse“ erhalten. Die EOSS-Initiative konzentriert sich auf die Erweiterung der Kerndatenstrukturen von scverse für Out-of-Core/Cloud-basierte Analysen, was die Effizienz und Skalierbarkeit der Einzelzell- und Spatial-Omics-Datenverarbeitung erheblich steigern wird.
Cloud-basierte Innovationen
Das scverse-Projekt zielt darauf ab, die Handhabung großer biologischer Datensätze zu verbessern, indem die Kerntools – AnnData, MuData und SpatialData – für die Cloud-basierte Verarbeitung effizienter gemacht werden. Dieses Upgrade wird helfen, Daten effektiver zu verwalten, ähnlich wie beim Online-Streaming eines Videos, bei dem nur die benötigten Teile geladen werden. Durch die Unterstützung der breiteren wissenschaftlichen Gemeinschaft wird scverse neue Wege zur Datenanalyse ermöglichen und bestehende Methoden verbessern. Derzeit bietet scverse maschinelles Lernen und Visualisierungstools für große biomedizinische Daten, aber diese Tools sind noch nicht für den Cloud-Einsatz optimiert. Mit der zunehmenden Verfügbarkeit von Zellatlanten und neuen Modellen für Einzelzelldaten wächst der Bedarf, diese Daten in größerem Maßstab zu verarbeiten. Das Projekt wird die Fähigkeiten von scverse erweitern, um mit der ständig wachsenden Größe von Einzelzell- und Spatial-Omics-Daten umzugehen, was die biologische Forschung schneller und effizienter macht.
Über den Wissenschaftler
Prof. Dr. Dr. Fabian Theis, Head of Computational Health Center bei Helmholtz Munich und Lehrstuhlinhaber des Mathematical Modeling of Biological Systems an der Technischen Universität München.
